Para su funcionamiento el CIAT – YRENDA está organizado de acuerdo con el organigrama presentado en la figura Nº 1, 

El coordinador cuenta con el asesoramiento técnico de profesores e investigadores de todos los departamentos de la FCyT, así como un asistente, preferentemente un alumno que se encuentre en etapa de desarrollo del proyecto final (Trabajo de tesis).

El CIAT – YRENDA se organiza para dar respuestas en tres áreas específicas, la organización de la información y comunicación; proyectos y asesorías; y la capacitación.

1. Banco de informaciones, comunicación y aplicación de nuevas tecnologías

Área en la cual se diseñará y se alimentará un banco de datos, se experimentará con nuevas tecnologías, se establecerán y fortalecerán   las alianzas estratégicas con otras instituciones y se darán a conocer las informaciones procesadas del CIAT- YRENDA.

1.1. Banco de informaciones

Se trata de ordenar la información existente en el área de recursos hídricos y el territorio, estableciendo un banco de informaciones que contenga informaciones relacionadas a aspectos técnicos y legales. En el primer caso se compilarán los informes referentes a proyectos ejecutados por los departamentos de la FCyT, así como trabajos de Tesis en las áreas respectivas, se homogenizarán los datos referentes a pozos de agua y de geotecnia obtenidos durante los diversos proyectos y tesis  – entre otros, datos de 76 pozos en el proyecto Borde Oriental del Lago Ypacaraí, datos de pozos colectados para las Tesis sobre el acuífero Guaraní, y caracterización de suelos de alteración de la Suite Magmática Alto Paraná,  datos de pozos del Departamento Central y quizás una de las informaciones más importantes, la carga de datos de 236 pozos de agua de la región occidental, donde se presentan zonificados por su aptitud para el consumo humano. Estas informaciones sistematizadas servirán para futuros trabajos que permitirán ampliar los conocimientos del medio físico. También informaciones referentes a sensores utilizados en las áreas de recursos hídricos y territorio (que incluye la calidad del aire)

De igual manera se tendrá una sección con toda la información de legal que implica, además de la constitución nacional, tratados, leyes, reglamentos, normas, resoluciones y ordenanzas.

1.2. Comunicación y participación en Redes

La comunicación es esencial, al igual que establecimiento de alianzas con instituciones con objetivos similares al CIAT – YRENDA, ya sean estás nacionales e internacionales, entre las cuales se encuentran el Institute for Water Education IHE – DELFT, la Asociación Paraguaya de Recursos Hídricos, la Asociación Paraguaya de Ingeniería Sanitaria, y el Instituto Nacional de Estadísticas (INE), se busca, también aumentar la presencia en otras Redes.

Tendrá a su cargo la divulgación de conocimientos relacionados al agua y el territorio, el ambiente y la adaptación al cambio climático.

1.3. Aplicación de nuevas tecnologías

En la FCyT se tiene experiencia en la utilización de modelos, especialmente en el área de la meteorología y las aguas superficiales, sin embargo, el uso de modelos matemáticos en aguas subterráneas es escaso, y su aplicación en algunas tesis no ha transcendido, por cual se empezará a incursionar en el modelado de aguas subterráneas utilizando el programa MODFLOW software libre de la USSG (Servicio Geológico de los Estados Unidos de América) se integrará un equipo con alumnos de pasantía, se espera que al grupo se unan alumnos de informática y análisis de sistemas.

La base de cualquier trabajo relacionado al agua o el territorio es el manejo de datos. La generación de los mismos se realiza, en muchos de los casos, a través de sensores, herramientas e instrumentos de medición se pretende que una gran parte de estos sean desarrollados en la FCyT.

2. Proyectos, servicios y extensión

Esta área estará encargada del diseño y desarrollo de investigaciones científicas relacionadas al agua y el territorio, el ambiente y el clima. Diseño y ejecución de proyectos relacionados al agua y el territorio, el ambiente y el clima.

El asesoramiento técnico – científico a proyectos públicos y emprendimientos privados relacionados al agua y el territorio, el ambiente y el clima.

3. Capacitación

Área encargada de diseñar e impartir cursos de capacitación en el formato de cursos de corta duración, talleres, seminarios y diplomados, así como, la colaboración en áreas específicas de los cursos de Maestría.

Los pasantes actuales serán capacitados en el uso de los programas Python y Surfer.

Se tiene pendiente la realización, en marzo del 2023 el Diplomado en aprovechamiento estratégico en aguas subterráneas y posteriormente, el Diplomado en modelación de aguas subterráneas en conjunto con el IHE – Delft